腓利門書全書僅25節，乃保羅寫給腓利門的一封私人書信，為保羅十四卷書信中最短的一卷（羅，林前，林後，加，弗，腓，西，帖前，帖後，提前，提後，多，門，來），其內容要義，系記述保羅為腓利門的愛心信心感恩祈禱，為接納奴僕阿尼西母懇求，以及個人未來行動的盼望，與最後問安祝福等語。本書主要信息，就是論到關於為一個逃奴代求的事。
腓利門對於患難中的弟兄們，樂善好施，愛心可嘉。他有奴僕阿尼西母，是歌羅西人，因此推斷腓利門歌羅西人（門10；西四9）。他的家庭經濟顯為十分寬裕富足。至於他與保羅的來往關係始於何時，聖經雖無記載，保羅在以弗所傳道三年之久（徒十九），他因保羅所傳的福音而得救的。他的家是教會聚會的地方，大概就是歌羅西教會，許多信徒從他那裡得安慰和勉勵，保羅稱他為親愛的同工。本書第22節保羅吩咐他要為保羅預備住處，可見他必定常常接持主的僕人。傳說他後來成為歌羅西教會的監督，因尼祿皇的事件發生（參三五二題4項），為主殉道了。
保羅在歌羅西書中勉勵亞基布（西四17），多數解經家相信亞基布是腓利門的兒子，也是為主工作的人。亞腓亞猜想是腓利門的妻子，保羅稱她為妹子，是在主裡的稱呼。本書題到以巴弗、馬可、亞裡達古、底馬和路加等人都問腓利門安，他們也問候歌羅西教會的人安（西四），這些人都認識歌羅西信徒。
按本書第23節說：“為基督耶穌與我同坐監的以巴弗問你安”。比較西四10──“與我一同坐監的亞裡達古問你們安。巴拿巴的表弟馬可也問你們安”。可見本書一如歌羅西書，為保羅首次在羅馬坐監時，與提摩太聯名所寫的，時在主後六十一至六十三年間，與歌羅西書同時。若將信中人名與《歌羅西書》四7～17節仔細比較，此信當與《歌羅西書》寫於同時同地。由阿尼西母、推基古將此二信一道送去歌羅西城。 腓利門書與以弗所書、腓立比書、歌羅西書合稱為“監獄書 信”，即保羅首次在羅馬為主被囚時所寫。 這些書信多是著於羅馬，保羅自己所租的房子，因他是特准為“自由犯人”（徒廿八16；30）。
【寫信的緣由與目的】由信中可以看出腓利門是保羅帶領歸主的。並且成為保羅的知己。他的經濟非常富裕，對患難中的主內弟兄是以樂善好施聞名的。阿尼西母是他的奴僕，可能偷了他的錢，攜款潛逃，遠走高飛，到了保羅坐監的城市──羅馬。在那裡與保羅接觸，真心悔改，相信基督。由於感恩圖報，就盡其所能地親身服事保羅。但因保羅認為他既是腓利門的僕人，須得其主人之許可，故應當打發他先回他主人腓利門那裡去求請赦免，所以就為他寫了這封信（門19），要他隨身帶去，或由推基古帶去，懇求腓利門能夠接納他，待他親愛如弟兄，不再是奴僕的地位。同時保羅自己願意表示為他償還的欠帳，盼望腓利門使保羅的心在基督裡得快樂。根據羅馬律法，奴僕是應該終生服事買他回來的主人，所以保羅寫這封書信為阿尼酉母求情。
我們如果仔細研究本書信，便知保羅用最巧妙的文筆與說法，並以他與腓利門之間的最高友誼為代價，說服腓利門,雖然我們不知道這書信的效果如何，但一般人都相信腓利門一定依照保羅的請求。本書是在聖經中唯一題到“奴隸制度”的。在羅馬時代，買賣奴隸及蓄奴是極平常的事，沒有人會反對這種奴隸制度。當時的奴隸多屬羅馬帝國所征服的領土居民，有些是被迫為奴，有些是被拐去出售，也有些因生活困難而廿願被賣為奴的，因為在富有的主人家中為奴，他們所享受的比自己貧窮的家所享受的好得多。
保羅獲得許多有關“反對蓄奴隸”或“釋放奴隸”的啟示。但，在當時並沒有人提倡此舉，而事實上也未嘗有人因蓄奴而引起政治風暴。有人說保羅似乎不可能有此先見，預知將來（最少在千年之後）有人會反對蓄奴而提倡釋奴。可是，如果我們細心研究保羅的神學思想，和他對於“人與人之間的天上應有的態度”，便知他非常可能預知將來一定有人起來反對及廢除蓄奴制度，使每一個人的人權都獲得保障，在基督裡享受同等的自由和福利。
不過，在羅馬帝國時代，保羅是不可能提倡“廢奴”理論及行動的。所以保羅在腓利門書並沒有“攻擊奴隸制度”，但他用很巧妙的語氣與方法，使腓利門對於一個已經信主的奴隸應有的新態度。那就是，當奴隸為主人服務時，他應盡奴隸的一切本分，但當主人與奴隸一同在基督裡舉行聚會時，則無主人與奴隸之分。在基督的愛裡已溶化了一切“人為的界限”。
雖然，釋放奴隸，恢復人權也是今日全世界各國應有的行動，但買賣奴隸仍然在不少國家公開或秘密進行。在許多阿拉伯國家仍然公開買賣奴隸，在歐洲，竟然有駭人聽聞的“買賣白奴”（不是黑奴）。他們把歐洲白種女子出售與阿拉伯國家的富豪，每年由法國、西班牙、義大利等地售與非洲及中東各國，已成為公開的秘密。 釋放黑奴，是經過國際間多次的共同的瞭解與磋商之後，才有今日的成就，但這種成就不能不歸功與保羅，因為他在千多年前便寫下一封這樣寶貴與思想偉大的腓利門書；不是消極地釋放奴隸，乃是積極地調整主奴間的正確關係，使主奴相處如弟兄。
本書的鑰字：(1)「心腸，」用過三次：『聖徒的心腸從你得到暢快』(7)，『他是我心腸上的人』(12)，『並望你使我的心腸在基督裡暢快』(20新譯)。(2)「愛心，」用過三次：『你的愛心』(5)，『為你的愛心大有快樂』(7)，『憑愛心求你』(9)。
【當時逃奴的命運】阿尼西母是個逃跑的奴僕；也很可能是個賊。保羅曾說：『他若虧負你，或欠你甚麼，都歸在我的賬上；我必償還。』（門18，19節）在那時奴僕只被當作一件活的工具。主人有絕對權力對待他的奴隸。『他可以打他耳光，或罰他作苦工，或用鐐銬鎖起來到田地工作，或在一些像監獄般的工廠充苦工。或者，他可以用木棍、皮鞭、或繩結去打他們作處罰；倘若他們偷竊或逃跑，主人可以用烙鐵在他們的前額烙印；或者當主人覺得無可矯正時，甚至可以把他們釘十字架殺死。』庇尼（Pliny）告訴我們波尼奧（Vedius Pollio）如何對待一個奴隸。當時，這個奴隸捧著一盤水晶玻璃酒杯走進院庭；他把其中的一隻跌碎。波尼奧立刻命令侍從把他扔進院中的魚池，讓那些惡性發作的八目鰻把他撕成碎片。猶文拿裡（Juvenal）描述女主人隨自己的喜怒無常痛打婢女；男主人則嗜愛聽那些殘暴鞭韃的聲音，認為受刑者的呻吟和慘叫比海妖的歌聲更悅耳；他們最快樂不過的時候，就是『當奴隸偷了兩條毛巾，被那行刑的家宰用熱鐵烙在身體上』，『又當那些鐐銬鋃鐺作聲時，主人才感到快樂。』當時的奴隸必須不斷地靠那些善變的男女主人的憐憫。
還有奴隸受當局存心抑壓，所以情況更差。當時在羅馬帝國中，總共有六千萬奴隸，若非經常嚴密監視，他們隨時會爆發暴動。一個反叛的奴隸立即會遭處決。倘若奴隸逃跑而被捉回來的時候，最幸運的便在他額前烙一個『F』字，代表逃跑者（fugitivus）；時運不濟的便被處決。
【在正典中的獨特地位】本信是個人書信，猶如一塊寶石，除了有優雅的修辭外，內容文詞表達極為美好，在禮貌，謙卑，機警，以及寬容，仁厚，溫柔，愛心等各方面的表現，都是出類拔萃的。其感人肺腑之語，溢於言表，尤其是保羅為奴僕阿尼西母煞費苦心，在尋求得到釋放自由這件事上，給予古今社會黑暗之蓄奴隸制度的人們一大警戒，恢復尊重人權自由，宣導博愛平等。這封小書函，充分顯示保羅仁愛的心腸。本信沒有直接地教導道理，但卻是“獨力承擔”道理的完美解說，因為保羅命令將“這一切都歸在我的帳上”。同樣基督徒的罪也“歸於”或記在我們主的帳上；正如保羅有能力支持阿尼西母無助的景況，我們主的救恩功績也能救助我們。馬丁路德這樣寫： 這裡我們看見聖保羅如何為了可憐的阿尼西母用盡自己，並且以他所有的方法代阿尼西母向他的主人辯護。他將自己當做阿尼西母，當自己得罪了腓利門。就像基督為我們向父神求情一般，聖保羅也為阿尼西母向腓利門求情……我謹此認為，我們所有人都是主的阿尼西母。
【主題特色】保羅在書中表現了他處理事件的技巧及他仁慈的心腸，寧放下他的地位與權力，而基於愛的態度來求情，使主人也須基於愛來接納一個業已悔改的弟兄。保羅甚至親自保證會代阿尼西母清還債務。保羅對腓利門可說是動之以情，曉之以義、訴之以理。信裡沒有講高深 的教義或者神學，講的只是一個私拿主人東西的奴隸，逃到保羅那裡，認罪 、悔改，做了基督信徒，成了和他的名字阿尼西母（意為“有益的人”）名實相符的人。 阿尼西母不過是羅馬帝國數百萬奴隸中的一名，腓利門也非教會唯一擁有奴隸的主人，因此本書也指示基督徒對奴隸制的態度，雖不直接攻擊制度本身，卻使信主的主僕在邪惡的制度下仍可活出他們的信仰，以弟兄相待。
這封短簡的教訓包括：人際關係中公平的原則；基督徒間應有的兄弟之誼；人間關係應在互愛互尊的新基礎上建立。16節阿尼西母的基督裡“不再是奴僕，乃是高過奴隸，是親愛的兄弟”，可視為當日解放奴隸和人性尊嚴的大憲章；不是僅僅在人道的層面上講同情 ，而是在人人平等的基礎上講義務。基督福音真理從“登山寶訓”（太5章）愛的信息開始，到保羅在主裡不再是奴僕的莊嚴宣告，已使一個古舊的殘酷體制有了劇烈的改變；多少個世紀後，奴隸制度終成歷史陳跡。甚麼地方有基督信仰，甚麼地方人就能在愛中做真正的人。
保羅在教導：1，寬恕的原則。全信未提腓利門有報復的“權利”，也未觸及阿尼西母受處分的事。流貫全書的是主基督的愛與饒恕的精神（9節“憑著愛心求你”，20節“望你使我的心在基督裡得暢快”）。2，人與人的關係須用在主基督裡的全新範疇來重定。人間關係的中心是主裡“親愛的弟兄”，其他一切均須繞此軸心來決定（16節）。3，寬大對待奴隸要出於甘心。信徒內心有了基督大愛後才能有此改變，不是由於保羅一人的情面。保羅答應代償所欠，盼望腓利門可以釋放這逃奴（21節），但囑咐善行須“出於甘心”。
有些聖經學者相信阿尼西母后來獲得自由，並回到保羅那裡服侍他，主後二世紀且出任以弗所教會的監督。這是根據安提阿教會的主持人伊格拿丟（Lqnatius）給以弗所教會的一封信，信裡說他讀過保羅給腓利門的信，對以弗所教會的主持人十分讚揚，稱讚他品德優美，一生於人有益；並仿本書20節的話說，“望我能常從你得益處（原文“快樂”也作“益處”），就象尼的名字一樣”。這位受稱讚的監督的名字就叫阿尼西母。（伊格拿丟送出此信後不久，便給羅馬人押往羅馬，拋在鬥獸場中喂了獅子。）